地磁気観測所は、国土交通省の外局である気象庁に属する施設等機関の一つです。
本所には、所長と総務課、技術課、観測課、調査課の４課を置いています。各課に課長を配置しています。
総務課には、総務係、業務係の２係を置いています。各係に係長を配置しています。
技術課・観測課・調査課の３課では、課長の下に主任研究官と研究官を配置しています。
−平成24年4月現在−
所 長 吉川 澄夫
総務課長 湯本 康晴
技術課長 徳本 哲男
観測課長 福井 敬一
調査課長 原 昌弘
