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地磁気観測所は、国土交通省の外局である気象庁に属する施設等機関の一つです。
本所には、所長と総務課、技術課、観測課、調査課の4課を置いています。各課に課長を配置しています。 総務課には、総務係、業務係の2係を置いています。各係に係長を配置しています。 技術課・観測課・調査課の3課では、課長の下に主任研究官と研究官を配置しています。
−平成24年4月現在− 所 長 吉川 澄夫 総務課長 湯本 康晴 技術課長 徳本 哲男 観測課長 福井 敬一 調査課長 原 昌弘